بخش پژوهشی بیست و یکمین جشنواره بین المللی موسیقی فجر در شاخه های موسیقی ردیف دستگاهی، موسیقی کلاسیک، موسیقی روز و موسیقی نواحی برگزار شد به طوری که در شاخه موسیقی ردیف دستگاهی نشستهایی چون بررسی بداهه نوازی در موسیقی ایرانی با سخنرانی داریوش طلایی و داریوش پیرنیاکان و با اجرای داریوش طلایی، بررسی بداهه نوازی در موسیقی ایرانی با سخنرانی داریوش پیرنیاکان و محسن نفر و با اجرای محسن نفر، بررسی بداهه نوازی در موسیقی ایرانی با سخنرانی ارشد طهماسبی و داریوش پیرنیاکان با اجرای ارشد طهماسبی ، بررسی سبکهای نوازندگی کمانچه(باقرخان) با سخنرانی مهدی آذرسینا،‌علی اکبر شکارچی و داریوش پیرنیاکان و اجرای مهدی آذرسینا و علی اکبر شکارچی ، بررسی شیوه های آوازی در موسیقی ایرانی با سخنرانی داریوش پیرنیاکان ، احمد ابراهیمی، رضا موسوی زاده و اجرای گروه فاخته در تالار رودکی برگزار شد.

در بخش پژوهش موسیقی کلاسیک ، وضعیت موسیقی کلاسیک در ایران با سخنرانی شاهین فرهت، کامبیز روشن روان، محمد سریر، آذین موحد ، امیر صراف و با اجرای ارکستر موسیقی نو، فعالیتهای آهنگسازان موسیقی کلاسیک با سخنرانی شاهین فرهت، حسن ریاحی، محمد سریر و کامبیز روشن روان و با اجرای مجید متوسلی، موسیقی کلاسیک و جامعه با سخنرانی شاهین فرهت، محمد سریر، فرید عمران، کامبیز روشن روان، هما السادات افسری و با اجرای ارکستر دانشگاه صدا و سیما و گروه آکادمیا ،موسیقی و عرصه فعالیتهای حرفه ای با سخنرانی شاهین فرهت،‌محمد سریر،‌لوریس چکناواریان ، آذین موحد و با اجرای ارکستر زهی پارسیان و امکانات اجرایی موسیقی کلاسیک با سخنرانی شاهین فرهت،‌محمد سریر،‌فرید عمران،‌آذین موحد، آیدین احمدی نژاد و با اجرای ارکستر زهی پارسیان بررسی شد.

در بخش پژوهش موسیقی روز نشستهایی چون نسل جوان و موسیقی روز،جاذبه ها و آسیب ها با سخنرانی محمد سریر، شاهین فرهت،‌حمیدرضا اردلان ، مهدی کلهر، کامبیز روشن روان، فردین خلعتبری،‌سهیل محمودی، فواد حجازی، محمدرضا صادقی با اجرای ارکستر زهی پارسیان به خوانندگی محمدرضا صادقی و روند تحول موسیقی روز و چشم انداز آینده با سخنرانی شاهین فرهت، محمد سریر، فردین خلعتبری، امیر بکان، محمدرضا احمدیان، افشین یداللهی ، سیمون آیوازیان با اجرای حمید حامی و گروه موسیقی گیتار فلامنکو برپا شد.

در بخش پژوهش موسیقی نواحی ایران نیز منظومه های آذری و ترکمنی و قشقایی به یاد استاد شادروان عاشیق اصلان طالبی با سخنرانی عاشیق ایمران حیدری، حجت اسدیان،‌حاج محمد ایری با اجرای عاشیق رسول قربانی،عاشیق حسن اسکندری، دردی طریک، عاشیق امیرحسین جدی فرد، منظومه های عربی ،منظومه های مذهبی، تغزلی و حماسی به یاد استاد شادروان درویش محمدبازماندگان با سخنرانی حمیدرضا اردلان با اجرای حسان اگزار چنانی زاده، ملا عبد فیهانی، غلام مارگیری، خلیفه میرزا آغه غوثی، منظومه های خراسان، دری، ترکی، کرمانجی به یاد استاد شادروان حاج حسین یگانه با سخنرانی آمنه یوسف زاده ، استیون بلام و با اجرای نورمحمد درپور، علی غلام رضایی، روشن گل افروز، سهراب محمدی، کلیم الله توحدی، منظومه های کردی، لری، بختیاری و بویراحمدی به یاد استاد شادروان همت علی سالم با سخنرانی علی اکبر شکارچی، بهمن حاج امینی با اجرای خضر قادری،‌بیران وند، آرش شهریاری و علی محرابی، منظومه های طبری و گیل و دیلمان به یاد استاد شادروان نظام شکارچیان با سخنرانی فریبرز رستمی، ناصر وحدتی،‌مصطفی رحیم پور با اجرای ارزمون شکارچی، محمدرضا اسحاقی، محمد اخوان و قاسم ملایی ، منظومه های بلوچی به یاد استاد شادروان غلام قادر رحمانی با سخنرانی محمدجواد بشارتی ، محسن حجاریان با اجرای اسحاق بلوچ نسب و کمال خان هوت بررسی شد.

در بیست و یکمین جشنواره موسیقی فجر بخش ویژه ای با عنوان یادمان مرحوم رحیم موذن زاده اردبیلی برگزار شد که طی آن نشستهایی با عنوان بررسی سخنوری و آیین ها و نقل های کهن مذهبی با سخنرانی دکتر کزازی و آرش اوستاییان با اجرای سید مصطفی سعیدی (سخنوری و حمله حیدری)، استاد خیوه چی(محاکمه خوانی همراه با دوتار)، عاشق امیرحسین جدی فرد (نقل ابراهیم و اسماعیل همراه با کمانچه)، درویش محمد عارفیان (پرده خوانی و منقبت خوانی)، مرشد احسان گلچین (زنگ و ضرب زورخانه)، بررسی زبان ، معماری و اذان با سخنرانی بهرنگ مجیدی ، بررسی الحان ، آواها و نواهای عبادی با سخنرانی حاتم عسگری، هوشنگ جاوید و اجرای نورمحمد درپور(معراج نامه خوانی و آواز حکمی)، عباس بهاری(منقبت خوانی)، علی غلامرضایی(مناجات نامه و آواز ستایشی نیایشی)، غلام مارگیری و عباس سمایی (مولودی خوانی همراه با دف)، شوق علی عارف(گلدسته خوانی و چاووش خوانی)، حسان اگزار چنانی زاده(بیت خوانی عربی همراه با رباب) و بررسی ویژگی های اذان مرحوم استاد حاج رحیم موذن زاده اردبیلی با سخنرانی حاتم عسگری، هوشنگ جاوید، جعفر موذن زاده، ودود موذن زاده،‌علی معلم دامغانی،‌مهدی آذرسینا، داریوش پیرنیاکان ، آرش اوستاییان و با اجرای حاج سلیم موذن زاده،‌شوق علی عارف، محمد ایران بروجردی، ودود موذن زاده و پیروزمند برگزار شد.

در دوره بیست و یکم ، سالن رودکی به غیر از دو اجرا ، مختص بخش پژوهش و ویژه یادمان موذن زاده اردبیلی بود.