شانزدهمین جشنواره موسیقی فجر به دبیری علی آئینه ساز از 17 تا 29 بهمن ماه سال 1379 برگزار شد. البته این در حالی بود که دومین جشنواره موسیقی مقامی نیز همزمان و در کنار شانزدهمین جشنواره موسیقی فجر از 7 تا 12 دی ماه در کرمان برگزار شد.

در این دوره از جشنواره 68 گروه در شاخه های موسیقی جوان، سنتی، نواحی، بانوان، ارکستر و گروه کر ، بین الملل و پژوهشی در سالنهایی چون وحدت، رودکی، فرهنگسرای ارسباران، مجتمع فرهنگی گلستان، فرهنگسرای بهمن، تالار میراث فرهنگی، فرهنگسرای نیاوران و سالن موزه فرش به روی صحنه رفتند.

در جشنواره شانزدهم بخشی نیز با عنوان ملل مسلمان برگزار شد که بهانه این حضور تاکید بر سال گفتگوی تمدن ها بود.

یکی از نکات قابل توجه در این دوره برگزاری دومین جشنواره موسیقی نواحی و دومین جشنواره موسیقی جوان در دل جشنواره فجر است همچنین در این دوره منتخبین دوره های اول این دو جشنواره به اجرا پرداختند.

ارکستر سمفونیک تهران به رهبری لوریس چکناواریان به همراه گروه کر تالار وحدت به رهبری گرگین موسسیان و ارکستر موسیقی ملی ایران به رهبری فرهاد فخرالدینی و ارکستر فیلارمونیک تهران به رهبری محمدرضا شریف لطفی به روی صحنه رفت همچنین گروههای شاخصی در بخش های مختلف اجرایی را برگزار کردند.