جشنواره‌ی موسیقی فجر در سال ۱۳۶۴ فعالیت خود را با عنوان «جشنواره سرود و آهنگ‌های انقلابی» آغاز کرد. این رویداد ملی به مدت چهار سال با همین نام به فعالیت خود ادامه داد و در آن سال‌ها تنها محملی محسوب می‌شد که اهالی موسیقی می‌توانستند به اجرای برنامه و برگزاری کنسرت بپردازند.

چهار سال پس از برگزاری «جشنواره‌ سرود و آهنگ‌های انقلابی»، این رویداد با عنوان «جشنواره موسیقی فجر» به فعالیت خود ادامه داد که با پایان هشت سال جنگ تحمیلی علیه ایران نیز همراه بود. این رخداد آغازی دوباره برای این جشنواره بود.

در دوره پنجم، جشنواره برای اولین بار دارای «لوگو» شد و نمادهایی پیدا کرد که از این رخداد مهم خبر می‌داد اما دو سال بعد یعنی در سال ۱۳۷۰ که جشنواره برای اولین بار به صورت بین‌المللی برگزار شد و علاوه بر گروه‌های داخلی در سبک‌های گوناگون، چند گروه خارجی نیز در جشنواره حاضر شدند، این رویداد موسیقایی شکل گسترده‌تری به خود گرفت. البته در آن سال، بیشتر تلاش شد تا موسیقی کشورهای مسلمان محور فعالیت‌های بخش بین‌الملل قرار گیرند و در همین راستا بخش «معرفی موسیقی ملل مسلمان» شکل گرفت که در آن برترین چهره‌های موسیقی مسلمان در جهان حضور داشتند.

در این دوره یک گروه موسیقی از تاجیکستان (گروه استاد آدینه هاشم‌اف و گروه دولتمند خلف)، یک گروه از هند با رهبری استاد بسم‌الله خان (نوازنده مشهور شهنای) و استاد هابیل علی‌اف از جمهوری آذربایجان با آواز نصرالله ناصح‌پور به اجرای برنامه پرداختند. ماهیت بین‌المللی جشنواره‌ موسیقی فجر تاکنون ادامه دارد.

اما در سال ۱۳۷۶، در سیزدهمین جشنواره برای اولین بار بخش‌های دیگری به جشنواره اضافه شد. در این سال گروه‌های موسیقی بانوان پس از حدود ۲۰ دهه سکوت توانستند در جشنواره‌ موسیقی فجر به اجرای برنامه بپردازند و بخش «ویژه‌‌ی بانوان» نیز کار خود را آغاز کرد. این بخش در سال‌های بعد نیز کماکان در جشنواره حضور داشت و البته مدتی بعد از آن به عنوان جشنواره‌ای مستقل تحت عنوان «گل یاس» به فعالیت خود ادامه داد؛ اما این بار در پانزدهمین دوره‌ جشنواره، برای اولین بار ۱۰ کشور از کشورهای صاحب تمدن و موسیقی در جشنواره شرکت کردند. این تغییرات در ساختار جشنواره در سال‌های بعد نیز ادامه داشت؛ به طوری که سال بعد از آن نیز بخش دیگری با نام «بخش سازی» اضافه و برای اولین بار در طول برگزاری جشنواره‌های موسیقی فجر بخشی با عنوان پایان‌نامه به جشنواره اضافه شد.

در دوره بیستم نگاه جشنواره به طور خاص و ویژه به بحث پژوهش در موسیقی معطوف و در دوره بیست و سوم بخش رقابتی در جشنواره موسیقی فجر راه‌اندازی شد. در دوره‌های بعدی نیز موضوع جوان‌گرایی به عنوان محور اصلی جشنواره مطرح شد.

در سی‌و یکمین دوره از این رخداد موسیقایی، با نگاهی به تجربیات سال‌های گذشته تلاش شد تا با حضور گروه‌های حرفه‌ای و اضافه شدن «جایزه باربد» برای انتخاب بهترین آثار تولیدی، ضمن توجه ویژه به بخش تولید، تلاش‌هایی در خصوص اعتبار بخشی به این رخداد مهم انجام شود.

این جشنواره هم‌اکنون ۳۳ ساله است و به ریاست حمیدرضا نوربخش مدیریت می‌شود.